La vigilancia epidemiológica es asumida por el IPK entre sus principales tareas.

La evaluación de vacunas fabricadas en el país entre las que se destaca la vacuna Anti-hepatitis B, la Antimeningocócica BC, la Antileptospirosis, y el Candidato vacunal contra el SIDA, es realizada por el grupo de investigaciones epidemiológicas del IPK, responsable de cubrir un amplio programa de investigaciones sobre los principales problemas de salud concernientes a las enfermedades transmisibles.

Este grupo, integrado fundamentalmente por epidemiólogos, sociólogos, matemáticos, geógrafos y comunicadores, desarrolla, además de las estrategias integradas para el perfeccionamiento de la Atención Primaria de Salud, investigaciones encaminadas a medir conocimientos, percepciones y conducta de los médicos y población, sobre todo, en Tuberculosis, sistemas automatizado de Vigilancia de Control de Foco de casos de Tuberculosis, sistemas de vigilancia epidemiológica de síndromes neurológicos infecciosos (SNI), entre otras investigaciones de interés epidemiológico nacional.

Como un nuevo proyecto investigativo ha incorporado recientemente el diseño de un sistema de vigilancia complementario a través de Médicos Centinelas en la atención primaria.

El área epidemiológica cuenta también con un grupo de información, reconocido como Unidad Nacional de Vigilancia de Enfermedades Transmisibles.

La actividad de vigilancia epidemiológica, vinculada al Sistema de Información Directa (SID), emite información diaria, así como la confección de un parte semanal de algunas enfermedades transmisibles seleccionadas de declaración obligatoria (EDO) a la dirección Nacional de Epidemiología, U.A.T.S., y al Vice-Ministerio del área. Desde hace más de una década mantiene la edición sistemática del Boletín Epidemiológico Semanal con difusión internacional por correo convencional, electrónico y en formato HTML en el sitio Web del IPK. Este boletín brinda información sobre  la situación epidemiológica, entre otras noticias de interés.

Nuestros especialistas mantienen estrechos vínculos de trabajo con prestigiosas instituciones científicas nacionales e internacionales. Muchas de estas investigaciones han sido evaluadas como relevantes en el campo de la epidemiología.

Al mismo tiempo se coordina e imparte exitosamente la Maestría en Epidemiología que se realiza en esta institución, así como cursos y entrenamientos.